بداية الكنيسة كانت على يد الجمعية اليونانية بالزقازيق حيث كان عدد كبير من أبناء الطائفة اليونانية يسكنوا بالزقازيق في القرن الثامن عشر  وقاموا بإنشاء هذه الكنيسة باسم الثلاث اقمار ( اي القديسين غريغوريوس وباسيليوس ويوحنا ذهبي الفم ) وذلك عام 1889م ، وفي سنة 1908م تأسست إيبارشية ليوديوبوليس وكان مقرها هذه الكنيسة.

وفي عام 1925م كانت الحاجة مُلحة لتوسيع الكنيسة (وهي مساحة الكنيسة الحالية).

وفي عام 1949م وبسبب قلة عدد أفراد الجالية بالزقازيق نُقل مقر المطران إلى مدينة الإسماعيلية.

وفي عام 1995م تم شراء الكنيسة من الجمعية اليونانية بواسطة نيافة المتنيح الأنبا ياكوبوس بمبلغ سبعة ملايين جنيه، وتم استلام الكنيسة في يوم 13 يوليو 1995م حيث صلى نيافته أول قداس بها.، وتم تغيير أسم الكنيسة رسميا إلى (كنيسة السيدة العذراء مريم وماريوحنا الرسول) بعد رؤية لنيافته من السيدة العذراء للإضافة أسمها إلى الكنيسة، وقد قام نيافته بتدشين المذبح  الأوسط بأسم السيدة العذراء والمذبح الجانبي باسم القديس مار يوحنا الرسول.

وأثناء تجديد المذبح الأوسط، وُجدت علبة بها رفات الثلاث اقمار القديسين ( باسيليوس وغريغوريوس ويوحنا ذهبي الفم ) أسفل المذبح.

وقد تم تجديد الكنيسة بالصورة الموجودة عليها الآن بعد سنوات من الإهمال.. ثم بناء مبنى للمطرانية حيث تم نقل مقر مطرانية الزقازيق ومنيا القمح إليها في عهد نيافة المتنيح الأنبا ياكوبوس عام 2002م.

وتم بناء مبنى للخدمات بالكنيسة عام 2013م في عهد نيافة الحبر الجليل الأنبا تيموثاؤس.

وقد عَهد المتنيح الأنبا ياكوبوس إلى القمص بنيامين جرجس الخدمة بالكنيسة حتى رسامة القمص أنطونيوس محب باقي في 26 يناير 1996م….. ثم رسامة القمص مقار أنيس في 20 مارس 1998م و القس متياس يعقوب في 26 نوفمبر 2004، والقس داود نبيل في 13 أكتوبر 2006م ثم القس بافلوس جمال في 24 نوفمبر 2017م.

مكتبة البيع بالكنيسة

المكتبة الاستعارية

مركز سانت ماري للكمبيوتر

مركز الصوتيات والفيديو بالكنيسة

كوشة الأفراح 

مركز وسائل الايضاح

حضانة سان جون 

يوميا عدا الجمعة ٩ : ٢ م ( مع الاخذ في الاعتبار العطلات الرسمية و الاعياد الكنسية و الاجازات الدراسية)