يرجع تاريخ إنشاء الكنيسة إلى عصر محمد علي عند بناء القناطر على ترعة بحر مويس, وكانت مقر كرسي مطرانية الشرقية ومدن القناة حتى حتى تم نقل مقر المطرانية إلى كنيسة مارجرجس بالزقازيق في عهد المتنيح الأنبا متاؤس.

تم تجديد الكنيسة عدة مرات وفي آخرها تم إعادة بنائها على الشكل الحالي عام 1999م في عهد المتنيح الأنبا ياكوبوس، حيث وُجد رفات لرهبان أحباش أسفل الكنيسة أثناء العمل بها. ثم تم بناء مبنى للخدمات بها في عهد الحبر الجليل الأنبا تيموثاؤس.