تعتبر كنيسة الملاك ميخائيل بالزقازيق من أقدم كنائس الزقازيق حيث كانت في البداية باسم جمعية الإيمان القبطية ثم بدأت الجمعية بجمع التبرعات وقامت ببناء الكنيسة وكانت مبنية من الخشب ثم جددت لتصبح على شكل سفينة، وفى مارس ١٩٤٥قام بعض الغوغاء بحرق الكنيسة بما فيها من الستور والكتب والشبابيك وكل ما فى الكنيسة .قامت الدولة بعمل سرادق كبير امام الكنيسه خطب فيه أئمة المسلمين و ونيافة الحبر الجليل الأنبا متاؤس والقمص بطرس يعقوب وقال في عظته الكلمه الشهيره (إن تاج الفاروق لا يساوى حجرا واحد فى الكنيسه).وأصدر النحاس باشا قرار ببناء الكنيسة وقدم تبرعا لذلك هو وعبد العزيز باشا رضوان ومن ثم تم اعادة  بناء الكنيسة ، وفي عام ١٩٩٧م تم بناء مبنى الخدمات بالكنيسة مكون من ثلاث طوابق وفى ٢٠١٤م بنعمة الله تم بناء مبنى الخدمات الجديد البحرى بجوار المنارة وفى عام ٢٠١٦م تم تجديد الكنيسة من الداخل بالخشب المحفور بالصلبان ورسم سقف الكنيسة وحضن الآب بالشرقية